In Naruto gibt es eine genau festgelegte Ninja-Rangordnung: Anwärter: Kinder, die noch nicht die Akademie besuchen, aber bereits erste Grundkenntnisse sammeln. Viele versuchen, von Genin Tricks vermittelt zu bekommen.
Akademieschüler:

Sie lernen in der Ninja-Akademie des Dorfes die Ninja-Grundtechniken.

Genin:

Niedrigster Ninja-Rang, den man nach erfolgreichem Abschluss der Akademie und des Überlebenstrainings erhält.

Chuunin:

Die Prüfungen hierfür finden zwei Mal im Jahr statt. Teilnehmen dürfen alle Genin, die mindestens acht Missionen erfolgreich beendet haben. Das Dorf, dessen Teilnehmer bei dieser Prüfung am besten abschneiden, erhält fortan die meisten Aufträge. Chuunin müssen nicht nur talentierte Ninjas sein, sondern auch eine Gruppe führen können.

Jounin:
Meisterhafte Kämpfer, die viele Techniken beherrschen und zur Elite des jeweiligen Dorfes gehören. Jounin sind oft Lehrer von Genin. Außergewöhnlich gute Jounin können Anbu werden, die besonders schwierige und gefährliche Aufträge bekommen und Masken tragen, um unerkannt zu bleiben.

Anbu:

Anbu sind Elite-Einheiten mit geheimer Identität. Sie tragen weiße Katzen-Masken.

San-Nin:

Die drei San-Nin stehen nach dem Hokage an erster Stelle an der Rangordnung. Für den Fall, dass der Hokage stirbt, wird meist einer der drei Sannin zum Hokage ernannt.

Kage:
 Oberster Ninja-Rang. In Naruto gibt es fünf Ninja-Großmächte, in denen sich jeweils ein verstecktes Dorf befindet, in dem die Ninja in einer Gemeinschaft leben. Der Kage (Hokage in Konoha, Mizukage in Kiri, Raikage in Kumo, Kazekage in Suna und Tsuchikage in Iwa) ist der Anführer des jeweiligen Dorfes und ein besonders starker und weiser Ninja.

Sonderränge:

Es gibt noch viele Sonderränge. Beispielsweise die Medizin Ninjas. Außerhalb der Ninja-Ränge stehen die Nuke-Nin. Sie haben sich gegen ihr Dorf gestellt und sind Kriminelle, nach denen weltweit gefahndet wird.

Die Akatsuki
ist eine Verbrecherorganisation, die aus besonders mächtigen, abtrünnigen Ninja besteht. Das Markenzeichen der Akatsuki sind ihre schwarzen Mäntel auf die rote Wolken gestickt wurden.