Zur Handlung:
Naruto Uzumaki ist das Problemkind der Ninja-Akademie im Dorf Konoha. Er hat den ganzen Tag nur Flausen im Kopf und ist der Schlechteste in der Klasse. Trotz der Zweifel seines Lehrers Iruka am Talent seines Schülers hat Naruto einen Traum: Er will Hokage werden. Allerdings begegnen ihm alle Erwachsenen abweisend, denn in Narutos Körper ist der Kyuubi versiegelt, ein neunschwänziger Fuchsdämon, der zwölf Jahre zuvor das Dorf überfiel und viele Bewohner tötete. Der damalige Hokage der vierten Generation opferte sein Leben, um den Dämon mit einer verbotenen Technik in Narutos Körper zu versiegeln.
Unter Schwierigkeiten nimmt Naruto die erste Hürde, den Abschluss der Ninja-Akademie. Als Genin wird er zusammen mit Sakura Haruno, seinem Schwarm, und dem Jahrgangsbesten Sasuke Uchiha, den er anfangs nicht ausstehen kann und in dem er einen Rivalen sieht, Mitglied eines Dreier-Teams, das so genannte Team 7. Dieses wird Kakashi Hatake, einem erfahrenen Jounin, zugeteilt.
Das nächste Ziel ist es nun, Chuunin zu werden, wofür sie an einer Prüfung teilnehmen müssen, an der auch andere Teams aus Konoha, aber auch welche aus anderen Ninja-Dörfern teilnehmen. Doch die Prüfung wird durch den Abtrünnigen Orochimaru und Ninja aus Suna  gestört, wobei ein Kampf um Konoha entbrennt. Obwohl er diesen Kampf verliert, kündigt Orochimaru an, das Dorf zerstören zu wollen. Doch das ist nicht Narutos einziges Problem: Mit dem Versprechen, ihn stärker machen zu können, hat Orochimaru Sasuke dazu bewegen können, ihm zu folgen und das Dorf zu verlassen. Auslöser dafür ist dessen Hass auf seinen Bruder Itachi, der seine Familie getötet hat und an dem er sich rächen will. Sasuke glaubt, dass er nicht stark genug werden kann, wenn er weiterhin in Konoha bei seinen Freunden bleibt. Nun versuchen Naruto und Sakura sowie ihre Freunde, Sasuke zu finden und zurückzubringen, wobei sich Konoha aber noch einer neuen Gefahr ausgesetzt sieht.
Akatsuki, ein Verband aus abtrünnigen Ninja, zu denen auch Itachi gehört, will Kyuubi, den neunschwänzigen Fuchsdämon, der in Naruto versiegelt ist, an sich bringen. Nun müssen Naruto und seine Freunde Akatsuki aufhalten.